La Molise Trasporti s.r.l. ha iniziato l’attività nel marzo del 1999, quando ha rilevato dalla ditta Cerella Lorenzo di Vasto l’autolinea Termoli-Roma. I collegamenti dal Molise con Roma, nei dieci anni di esercizio, sono stati ristrutturati con il rinnovo totale del parco autobus e con una razionalizzazione delle corse, che sono state raddoppiate e distribuite in tutto l’arco della giornata, dalle 5.00 del mattino alle 19.00 della sera dal Molise verso Roma e dalle 7.00 del mattino alle 20.15 della sera da Roma verso il Molise.

Nel giugno del 2001 la Molise Trasporti ha, poi, rilevato dalla società S.C.Aut. le autolinee regionali Tufara-Campobasso e Macchia Valfortore-Campobasso, raddoppiando le proprie dimensioni ed avendo, quindi,a quel momento, in esercizio due milioni di chilometri annui.

Nel dicembre del medesimo 2001 è stata attivata l’autolinea Venafro-Orbassano, con l’intento di servire le popolazioni molisane interessate a raggiungere il nord dell’Italia. Infatti, l’autolinea parte da Venafro e, attraversando i principali centri del Molise (Isernia, Boiano, Campobasso e Termoli), raggiunge le Marche, l'Emilia Romagna, la Lombardia ed il Piemonte, facendo scalo ad Ancona, Forlì, Bologna, Modena, Reggio Emilia, Parma, Milano, Nova Milanese, Rhò, Settimo Torinese, Milano e Orbassano.

Dal dicembre del 2003, infine, è stata attivata una linea trisettimanale per Perugia, Siena e Firenze, destinata prevalentemente a studenti molisani che in quelle città affrontano le proprie fatiche universitarie.

Oggi la Molise Trasporti, con i servizi regionali e statali, ha in esercizio tre milioni circa di autobus/chilometri annui.

La Società Molise Trasporti,  costituita per iniziativa di una famiglia di imprenditori pugliesi, presente, con altre società appartenenti allo stesso gruppo familiare nella provincia di Foggia - (Ferrovie del Gargano) -  è un' azienda molisana, essendo nata nel Molise  ed occupando esclusivamente lavoratori molisani, dalle qualifiche più basse a quelle manageriali.

La società Molise Trasporti nei suoi programmi aziendali punta a migliorare la qualità dei servizi, a completare il rinnovo del parco autobus ed, associandosi alle Ferrovie del Gargano, a portare a termine il prolungamento della ferrovia Foggia - Lucera a Campobasso in modo da conseguire un trasporto rapido di massa di viaggiatori e merci da Foggia a Campobasso e viceversa.